La Secretaría General Ejecutiva es la instancia operativa de la ANUIES y está representada por el Secretario General Ejecutivo, quien además de fungir como el responsable legal de la Asociación, también tiene las facultades de organizar la dependencia y ejecutar los acuerdos de la Asamblea General, del Consejo Nacional y de los Consejos Especiales. A través de sus unidades, la Secretaría General Ejecutiva ofrece, entre otros, los siguientes servicios a las instituciones afiliadas:Gestoría y representación ante instancias gubernamentales y no gubernamental.
Gestoría y representación ante instancias gubernamentales y no gubernamentales.
Asesoría y apoyo para el fortalecimiento de las funciones sustantivas y adjetivas de las instituciones afiliadas
Apoyos y asesoría técnica en aspectos académicos y administrativos
Información estadística y documental sobre educación superior.
Organización y apoyo para la realización de estudios e investigaciones sobre problemas académicos y administrativos de la educación superior.
Capacitación y actualización del personal en los ámbitos relacionados con la educación superior y la gestión académica y administrativ
Asamblea General:
La Asamblea General es el órgano colegiado supremo de gobierno de la ANUIES y está conformada por los titulares de las 207 instituciones asociadas, de las cuales 72 son Universidades Públicas, 29 Instituciones Particulares, 78 a Institutos Tecnológicos estatales y federales, 16 a Centros Públicos de Investigación CONACyT y 12 Instituciones Afines.
Consejo Nacional: El Consejo Nacional es el órgano colegiado de dirección y articulación de la ANUIES y está integrado por: los presidentes de los Consejos Regionales, dos representantes del CUPIA, dos representantes del CUPRIA, dos representantes de Institutos Tecnológicos, un representante de Centros de Investigación, los titulares de la UNAM e IPN y el Secretario General Ejecutivo de la Asociación.
Consejos Regionales
Los Consejos Regionales son los órganos colegiados de la ANUIES responsables de la coordinación del trabajo regional y están integrados por los titulares de las instituciones asociadas ubicadas en cada región. La ANUIES, por cuestiones operativas, ha dividido geográficamente al país en seis Consejos Regionales, que equivalen a igual número de regiones.
El Consejo Regional Centro Sur está integrado por los estados de:
Estado de México
Guerrero
Hidalgo
Morelos
Puebla
Querétaro
Tlaxcala